Juan Pablo Abratte nació en el barrio de San Vicente de la ciudad de Córdoba el 28 de Diciembre de 1969. Cursó la escuela primaria y secundaria en el Instituto San Antonio de Padua de ese mismo barrio.
Juan Pablo realizó sus estudios universitarios en el profesorado y la licenciatura en Ciencias de la Educación de la Facultad de Filosofía y Humanidades de la Universidad Nacional de Córdoba, y egresó de ambas carreras en 1993 y 2004 respectivamente.
En el año 1993 se casó con la compañera de toda su vida, la artista plástica Elia Bisaro, con quien fue padre de sus tres hijos: Nicolás, Paula y Lisandro.
Durante los años de 1990 formó parte de la DEMES (Dirección de Enseñanza Media Especial y Superior de la Pcia. de Córdoba) donde integró equipos técnicos para la mejora de la enseñanza técnica durante la gestión y coordinación de la profesora Alicia Carranza; y también para la evaluación de proyectos institucionales de las escuelas técnicas durante la reforma educativa de la Provincia de Córdoba. Las cuestiones vinculadas a la educación técnica y al contexto de la reforma educativa cordobesa ocupó parte importante no solo de su trabajo y gestión, sino del conjunto de sus investigaciones y reflexiones en torno a la reforma educativa nacional y provincial de corte neoliberal de esa década; de ellas derivan algunas publicaciones que constituyen hoy material de referencia sobre la temática.
Obtuvo varias becas para realizar sus estudios de posgrado y en 2003 egresó de la Maestría en Ciencias Sociales con mención en Metodología de la Investigación Social de la antigua Escuela de Trabajo Social, Facultad de Derecho y Ciencias Sociales de la Universidad Nacional de Córdoba. En 2008 recibió su título de Doctor en Ciencias Sociales de la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales, FLACSO Argentina,.
Juan Pablo ejerció principalmente como docente en la misma Escuela de Ciencias de la Educación de la que egresó; como Jefe de Trabajos Prácticos por Concurso en la Cátedra “Historia de la Educación Argentina” desde 1998 a 2008; también como Jefe de Trabajos Prácticos por Concurso en la Cátedra “Política Educacional y Legislación Escolar” desde 2006 a 2009. En el año 2008 concursó el cargo de Profesor Adjunto en la Cátedra “Historia de la Educación Argentina” desempeñándose como tal durante toda su vida. También fue docente responsable del dictado de las asignaturas “Historia de los Sistemas Educativos”, “Política y Planeamiento Educativo” y “Política y Legislación Educativa” de la carrera de Licenciatura en Ciencias de la Educación de la Universidad Nacional de Villa María; participó también en el dictado del “Taller de Apoyo al Trabajo Final de Grado” de esa Universidad, funciones que desarrolló desde 2003 hasta 2010.
Sus tesis de grado y posgrado recibieron siempre las más altas calificaciones, reconocimiento y recomendaciones para su publicación.
Ejerció la docencia de Posgrado en muchas oportunidades desde el año 2007 en la Carrera de Especialización en Pedagogía de la Formación, en la Maestría en Gestión para la Integración Regional y en la Maestría en Investigación Educativa con orientación socio-antropológica. (CEA-UNC). Dictó clases también en el Doctorado en Estudios Sociales de América Latina (CEA, UNC).
Fue Director de varias tesis de Posgrado tanto en la Universidad Nacional de Córdoba como en otras universidades nacionales. También fue Director de becas de iniciación a la investigación y de Doctorado en varios proyectos.
Participó también en múltiples proyectos de investigación desde el inicio de sus estudios y durante toda su vida profesional, ya sea como Investigador Principal o como Director.
Fue autor y coautor de innumerables publicaciones desde el año 2005, muchas de las cuales constituyen bibliografía de referencia en cursos de Historia de la Educación, Política Educativa, Reformas Educativas, etc.
También, ocupó varios cargos de gestión desde el año 2007 en adelante: como Director del Programa de Articulación del Sistema Educativo (PRODEAR) y del Programa de Planificación e Innovación Académica (PPIA) de la Universidad Nacional de Córdoba; como miembro del Comité Académico de la Maestría en Investigación Educativa con orientación Socioantropológica (CEA, UNC); como Secretario Académico de la Carrera de Especialización en Pedagogía de la Formación y como Vicepresidente de la Sociedad Argentina de Historia de la Educación (SAHE), además de oficiar como referato de múltiples publicaciones.
Desde el año 2011 a 2017 se desempeñó como Secretario Académico de la Facultad de Filosofía y Humanidades de la Universidad Nacional de Córdoba.
En el año 2017 fue designado como Decano de la Facultad de Filosofía y Humanidades, constituyendo el primer Decano elegido por voto directo de todos los claustros. Ocupó ese cargo y se desempeñó como tal hasta su deceso ocurrido el 29 de septiembre de 2019.